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概述
Bedtools是一款可以对genomic features进行比较、相关操作和注释的工具小丸工具箱参数包，目前版本已经有三十多个工具／命令用以实现各种不同的功能，可以针对bed、vcf、gff等格式的文件进行处理。
相关基本概念
genome features可以是功能元素（gene），遗传多态性 (SNPs, INDELs, or structural variants), 已经由测序或者其他方法得到的注释信息，也可以是自定义的一些特征信息。它包含所在染色体或scaffold的id，相应的起始、结束位置，所处正负链，以及名称等信息。
相关格式信息
bedtools可以对bed、vcf、gff等格式进行处理，vcf和gff文件大家比较常见，下边主要给大家介绍一下bed格式。
bedtools主要使用bed格式的前三列，bed最多可以有12列，主要描述如下：
Chrom：染色体信息
Start：genome features的起始位置，以０开始
End：genome features的结束位置，以１开始
Name: genome feature的官方名称或者自定义的一个名字
Score: 可以是p值等等一些可以刻量化的数值信息
Strands: 正反链信息
需要注意的是，bed文件起始位置以０开始，结束位置以１开始小丸工具箱参数包；而gff文件起始和结束位置均以１开始，同样，vcf文件的位置也是以１开始。
软件安装
软件的安装相对简单，下载后依次执行下面命令即可。
$ tar -zxvf bedtools-xxxx.tar.gz
$ cd bedtools2
$ make
基本用法
bedtools的使用较简单，用bedtools + 相应的命令 + 相应参数就可以，简单示例如下：
展开全文
bedtools intersect –a snps.bed –b exons.bed
简单功能介绍
Intersect
顾名思义，“intersect”命令就是取两个或多个文件之间的交集，根据参数不同，可以得到不同的结果，如下图所示：
Merge
Merge命令用于合并有overlap或者距离在一定范围内的相邻区间，距离可由参数(-d)定义。需要注意的是，做合并之前需要先对bed文件做排序，可以用bedtools sort命令实现。
Complement
取补集，除了正常作为输入的bed文件之外，还需要一个基因组的长度信息文件，记录每条染色体/scaffold的长度信息。可以得到基因组上除了输入的bed文件给定区域以外的其他区域信息。
genomeCov
可以计算基因组覆盖度，同样需要一个基因组长度信息文件，如果给定的输入文件是reads比对得到的bam文件，则可以得到reads在基因组上每个位置的深度。同样，不同的参数选择可以得到不同的结果，如下图所示：
除了上述一些处理以外，bedtools还可以做格式转化(bamtofastq)、fasta提取、统计等处理，具体的信息可以参见下表，如果大家有类似bed文件格式的处理需求，可以优先看看bedtools是否可以实现：
软件网址：
http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/index.html
参考文献：
Quinlan, A.R. & Hall, I.M. BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features. Bioinformatics 26, 841-842 (2010).